Hasri Ainun Besari adalah anak keempat dari delapan bersaudara putra dari H.Mohammad Besari, Arti dari nama Hasri Ainun berarti "Mata yang Indah". Ia kuliah di Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia dan memperoleh gelar Dokter di Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia pada tahun 1961. Ia juga pernah bekerja di RSCM Jakarta. Ia menikah dengan Habibie yang juga teman bermain semasa kecil, pada tanggal 12 Mei 1962. Mereka menghabiskan bulan madu di empat tempat yaitu di Kaliurang, Yogyakarta, dilanjutkan ke Bali lalu diakhiri di Ujung Pandang, daerah asal Habibie. Dari pernikahan ini, Ainun memiliki dua orang putra, Ilham Habibie dan Thariq Kemal Habibie, serta enam orang cucu.
